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Cy3.5是一种发红色荧光的花青素类荧光染料。Cy3.5在显影时可以用561nm或者594nm的激光束激发然后用Texas Red相似的滤片观察，它是一种非常常用的标记染料。Cy3.5-NHS可以用来标记蛋白，抗体，多肽，核酸分子等。

NHS活化酯（N-羟基琥珀酰亚胺酯，N-hydroxysuccinimide ester，succinimidyl ester）是生物标记反应中最常用的活化基团。它活化Cy3.5分子中的羧基，让它可以和目标生物分子上的胺基（伯胺或者仲胺）反应生成稳定的酰胺键，从而把Cy3.5分子标记到生物大分子上。由于游离胺基是蛋白，抗体，多肽表面的常见官能团（来自于赖胺酸侧链），Cy3.5-NHS可以和它们直接反应。核酸分子中天然不带游离胺基，只有胺基修饰过的RNA或者DNA才可以和Cy3.5-NHS反应。

Cy3.5-NHS活化酯的水溶性较低，所以在水相的标记反应体系内需要使用有机共溶剂，常用有机溶剂包括DMF，DMSO和乙腈等。如需标记的分子对有机溶剂敏感，可选择磺化花青素，即sulfo-Cy3.5-NHS活化酯。两者的光谱性质几乎一致，因此大部分应用可相互替换。两者的主要区别在于：磺化染料是水溶性的，在水相的标记反应体系内不需要使用有机共溶剂，并且降低染料在水中聚集的可能性，增强标记效率。

外观	深紫色固体
CAS号	2231670-85-0
分子式	C42H44ClN3O4
分子量	690.27
结构式
光谱特性	Ex/Em＝591/604nm(PBS缓冲液)
消光系数	116000L·mol-1·cm-1
量子产率	0.35
溶解性	易溶于DMF等有机溶剂
保存条件	避光，干燥，-20℃保存